Sint Pancras ligt op een strandwal, een zandrug in een omgeving van klei en veen. Archeologische vondsten in deze strandwal wijzen op bewoning in de Late IJzertijd en de Romeinse tijd (ruwweg van 300 voor tot 400 na Chr.). Na de Romeinse tijd is de strandwal waarschijnlijk enige tijd onbewoond geweest, maar vanaf omstreeks 600 na Chr. hebben hier vermoedelijk weer Friezen gewoond. De strandwal lag hoog verheven boven de moerassige omgeving -Het grootste deel van Noord-Holland bestond toen uit onbewoonbare veenmoerassen-. Vermoedelijk in de zesde of zevende eeuw ontstond hier het dorp Franloo. Een loo was een Germaanse offerplaats, meestal onder een grote eik. De naam is later verbasterd tot Vronen (Ook Vrone, Vroonen, Vroenlo en vele andere varianten komen voor in oude geschriften.). In de tiende eeuw werd het, o.a. door het drogere klimaat, mogelijk de veengebieden rond de strandwal te ontginnen. Vanuit Vronen werden o.a. Oterleek en Broek op Langedijk gesticht. In die tijd (tussen 900 en 1150) werd heel West-Friesland in cultuur gebracht en ontstonden de 52 Westfriese dorpen. 

Sint Pancras ligt in West-Friesland (het gebied binnen de Westfriese Omringdijk, dat in de 13e eeuw grotendeels werd aangelegd) en de grens met Kennemerland lag bij de Rekere. Deze (toen nog stromende afwateringsrivier) liep ten noorden langs Alkmaar. De Westfriezen waren tot 1289 vrije boeren, ze waren niet horig aan een graaf, bisschop, koning of wie dan ook. Het feodale stelsel kende men hier niet! Dit was een grote uitzondering in Europa. Geen wonder dat de achtereenvolgende graven van Holland begerige blikken op dit (vruchtbare) gebied lieten vallen. Bleef het daar maar bij, zij probeerden herhaaldelijk het gebied te veroveren, maar de Westfriezen wisten de aanvallers steeds af te slaan. De vader van de Hollandse graaf Floris V, Willem II, kwam om het leven bij zo'n veroveringstocht (Hoogwoud 1256). Floris V wilde zijn vader wreken en, ook niet onbelangrijk, hij wilde een extra gebied om belasting te kunnen heffen!

Graaf Willem II was tijdens een poging West-Friesland te veroveren in 1256 gedood. Zijn zoon Floris V trok in 1272 op veldtocht om de Westfriezen te onderwerpen en zijn vader te wreken. Daartoe liet hij een dijkje opwerpen van Alkmaar naar Oudorp, thans de Munnikenweg, om zo gemakkelijker West-Friesland binnen te kunnen trekken. De Westfriezen vielen echter de dijkwerkers aan om het werk te verhinderen. Floris V was genoodzaakt met zijn leger op te trekken om de aanvallers af te straffen. Het dijkje was echter voor de Hollandse ridders te paard te smal en de paarden konden niet goed uit de voeten in de moerassige grond naast de dijk. Zo wisten de Westfriezen het Hollandse leger tot staan te brengen en zelfs terug te jagen en te achtervolgen tot bij Heiloo. Hier wist Floris zijn vijanden te verdrijven. Door het grote aantal verliezen kon hij echter zijn veldtocht niet voort zetten. Floris V zou 500, de Westfriezen zouden 800 man, verloren hebben.

De troepen van Floris V bevonden zich op het dijkje tussen Alkmaar en Oudorp. Waarschijnlijk is het eerste treffen tussen het leger van Floris en zijn tegenstanders dat hier plaats vond afgebeeld. Links van het midden is Floris V blootshoofds en wijzend op het vaandel afgebeeld. Op de voorgrond een hutje van de dijkwerkers. Rechts op de achtergrond is de rook van de boten met rijshout te zien, die door de Westfriezen in brand zijn gestoken.

In 1272 probeerde Floris V West-Friesland te veroveren. Hij kwam echter in botsing met de Westfriezen die zich bij Vronen hadden verzameld en de Hollanders op de Munnikenweg terugdreven tot bij Heiloo. Dit was de slag bij Vronen van 1272 (zie het schilderij van Rochussen). Deze slag dient niet te worden verward met de slag bij Vronen die in 1297 zou plaatsvinden! In 1288 lukte het Floris wel om de Westfriezen, die zich vanwege de watersnoodramp die zich in dat jaar voltrok, niet goed konden verdedigen, te verslaan. Hij liet een aantal dwangburchten bouwen om de Westfriezen beter onder de duim te kunnen houden. Bij Alkmaar: de Torenburg en langs de Munnikenweg: de Middelburg en de Nieuwburg. Maar na de dood van graaf Floris V (1296) kwamen de Westfriezen weer in opstand en wilden hun vrijheid terug. Dit leidde tot tegenmaatregelen van de Hollanders en uiteindelijk vond een grote krachtmeting plaats op de Vronergeest. (De Vronergeest is de strandwal van Vronen. 'Geest' of 'Geist' is een zandige opduiking.) Het leger van de Westfriezen moet zo'n 3.000 man geteld hebben. De Hollanders waren echter toch in de meerderheid en beter bewapend. De Westfriezen waren kansloos en telden zeer veel slachtoffers in deze slag op 27 maart 1297.

Alle grond die aan inwoners van Vronen had toebehoord werd eigendom van de graaf van Holland en werd aan boeren verpacht. Na ongeveer een eeuw kwam er geleidelijk weer bewoning op de Vronergeest, aanvankelijk alleen aan de uiterste westkant. Er werd een kapel gebouwd, gewijd aan de heilige Pancratius, (een van de 'IJsheiligen'). In 1487 werd de kapel een parochiekerk - een laatgotische kruiskerk - waaromheen het dorp Sint Pancras ontstond. Sint Pancras is in feite een voortzetting van Vronen. In de 15e eeuw werden beide namen nog gebruikt voor hetzelfde dorp. De plaatsnaam komt in 1506 voor als Ecclesia S.Pancratii, in 1639 als Sint Pancreas en in 1745, S. Pancras. Tijdens de beeldenstorm van 1566 bleef het rustig in Sint Pancras (in Alkmaar werden wel vernielingen aangericht). In 1573 werd de kerk aan de protestanten toegewezen en werd een hervormde kerk (toen 'gereformeerd'). (Zie ook bij Foto albums, het thema 'Witte Kerk'.)

In 1573 werd Alkmaar door de Spanjaarden belegerd. In een grote ring om de stad lagen Spaanse kampementen en werden bomen omgehakt om een vrij schootsveld te hebben. Ook in Sint Pancras waren duizenden huurlingen gelegerd. Op 8 oktober 1573 werd het beleg plotseling opgeheven en vertrokken de Spanjaarden. De belangrijke oorzaak was dat Sonoy, de gouverneur van het Noorderkwartier, dijken had laten doorsteken, waardoor de belegeraars door het water moesten ploeteren. 8 oktober - Alkmaar's Victorie - is nog altijd een feestdag in Alkmaar. Sint Pancras bleef volkomen berooid achter; de soldaten hadden van alles meegenomen, o.a. al het vee. Heel wat huizen waren in brand gestoken. Daar kwam bij: de zoutschade door de overstroming, waarbij ook de Vroonermeer (drooggemalen in 1561) en de Daalmeer (drooggemalen in 1562) onder water werden gezet. 

De vijanden van Frankrijk, de Engelsen en de Russen voerden bij Callantsoog een landing uit met het doel om Holland te bevrijden van de Franse overheersing en om de Orange-gezinden weer aan de macht te helpen. In september 1799 werd er op meerdere plaatsten in noordelijk Noord-Holland zwaar gevochten en heel wat schade aangericht. In de ruïnekerk in Bergen zijn de kogelgaten nog te zien. Ook in de Langedijker dorpen werd flink gevochten tussen enerzijds de Hollanders en de Fransen en anderzijds de Engelsen en de Russen. O.a. in Oudkarspel werd het Regthuis vernield (thans museum en de zetel van de Stichting Langedijker Verleden). In Sint Pancras had Daendels (de Nederlandse legeraanvoerder) enige tijd zijn hoofdkwartier. Veel soldaten werden ondergebracht bij burgers, burgers werden gedwongen batterijen en schansen te herstellen, sloten breder te maken, gesneuvelde soldaten te begraven etc. Ook werden paard en wagen en andere zaken gevorderd. Volgens een berekening die drie maanden later door de toenmalige gemeente Sint-Pancras werd opgesteld bedroeg de totale materiële schade ƒ 26.092, voor die tijd een enorm bedrag! 

Na 1870 werd massaal overgeschakeld op tuinbouw (in het gehele Geestmerambacht), met name kool en vroege aardappels. Deze regio exporteerde tuinbouwproducten naar diverse landen. Door de in 1865 aangelegde spoorlijn Amsterdam - Den Helder werd de markt plotseling sterk vergroot.
De vruchtbare klei en het vele water waren gunstige omstandigheden. Vroeger ging transport via het water vaak beter dan over de (onverharde) wegen, maar bovendien zorgde het water voor klimaatverzachting: minder kans op nachtvorst in het voorjaar! Door het vele baggeren werden de sloten steeds breder en geleidelijk werd het een zeer waterrijk gebied: het 'Rijk der Duizend Eilanden'. In 1887 werd de groenteveiling in Broek op Langedijk opgericht en is veiling bij afslag ontstaan. Deze veiling was voor de Pancrasser tuinders via het water goed te bereiken en was voor hen van groot nut. De producten werden aanvankelijk van de veiling via het water en via paard en wagen naar het station van Heerhugowaard gebracht. In 1902 kreeg de veiling zelf een spoorverbinding, die bij de huidige spoorbrug over de ringvaart (kanaal Alkmaar-Kolhorn), op de lijn Amsterdam - Den Helder aansloot. Deze veilinglijn is opgeheven in 1972 omdat hij de concurrentie met de vrachtauto niet meer aan kon en de laatste jaren voor de opheffing nog maar weinig werd gebruikt. In 1975 werd de lijn daadwerkelijk afgebroken. De veiling werd in 1973 gesloten en thans is dit: Museum Broekerveiling. De tuinbouwproducten werden voortaan in Noord-Scharwoude geveild. 

In 1964 begon men met de ruilverkaveling in het Geestmerambacht. De bedoeling was om van een vaarpolder een rijpolder te maken. De moeilijke bereikbaarheid van de kavels en ook de versnippering van de kavels die in de loop der eeuwen door vererving was ontstaan (gemiddeld had men zeven kavels her en der verspreid liggen) maakte een rendabele bedrijfsvoering schier onmogelijk. Zeer veel sloten en vaarten werden gedempt en er ontstonden grote kavels die via de weg te bereiken waren. Het 'Rijk der Duizend Eilanden' werd geschiedenis evenals de vele tuinders met hun schuiten. Voor de ruilverkaveling waren er meer dan 200 tuinders in Sint Pancras en thans is er nog slechts een enkele. Om de herinnering aan de vroegere tuinders te bewaren werd in 2001 een 'tuindersmonument' opgericht op de Bovenweg, ter hoogte van De Molenhoeve.
Overigens had de ruilverkaveling alleen betrekking op het gebied buiten de strandwal. Op de strandwal waren geen sloten!